Его полномочия истекали, согласно законодательству Южной Осетии, после президентских выборов, в которых сам Кокойты принимать участие не имел права, так как занимал пост президента второй срок подряд. В итоге по результатам второго тура президентских выборов победила Алла Джиоева. Однако ее конкурент, Анатолий Бибилов, обжаловал результаты выборов в Конституционном суде республики, который признал выборы незаконными и отменил их результаты. Осетины вышли на улицы с протестами, манифестации продолжались целую декаду. В конце концов Джиоевой удалось договориться с Кокойты — действующий президент оставил свой пост и уволил главу Верховного суда и генпрокурора в обмен на прекращение выступлений сторонников Джиоевой.