По данным СКП РФ по республике, в апреле 2009 года Михайлов опубликовал статью «К вопросу о гадюшниках», в которой «на почве личных неприязненных отношений» в «неприличной форме» описал возглавляемое Бердниковым правительство Республики Алтай «как враждебный, злобный, склочный, аморальный коллектив». Таким образом, Михайлов совершил преступление, предусмотренное статьей 319 УК РФ («Публичное оскорбление представителя власти при исполнении им своих должностных обязанностей и в связи с их исполнением»). 
Кроме того, Михайлов обвиняется по части 2 статьи 129 («Клевета»). В материале «Фигура умолчания», который вышел в июле 2009 года, журналист, по мнению СКП, «реализуя преступный умысел», рассказал о том, что Бердников страдает алкоголизмом. Это заболевание, отмечается в постановлении, негативно оценивается обществом и несовместимо с текущей профессиональной деятельностью Бердникова. 
Наконец, в феврале 2010 года Михайлов публично совершил действия, направленные на возбуждение ненависти и вражды, а также на унижение достоинства человека и группы лиц по признакам национальности (часть 1 статьи 282 УК РФ). На митинге в Горно-Алтайске по поводу роста тарифов ЖКХ журналист держал плакат, адресованный первому заместителю главы регионального правительства С.М.Тевоняну. Слова «Тевонян! Всяким Янам здесь не место», как посчитали в СКП, содержат «требования о вытеснении из сферы деятельности правительства Республики Алтай лица армянской национальности, а также требования ограничить права на проживание на территории Республики Алтай лиц армянской национальности».
Первое уголовное дело против учредителя газеты и депутата следственные органы возбудили в мае текущего года. Позже было возбуждено еще два дела. В помещении редакции следователи проводили обыски.
Михайлов вины своей не признал, а инцидент с плакатом считает провокацией. По данным РИА «Новости», после предъявления обвинения с Михайлова была взята подписка о невыезде.