По итогам масштабной проверки Счетной палаты Минобороны выяснилось, что гражданские советники министра получали миллионные премиальные, в то время как допвыплаты командующим войсками предусмотрены не были. В частности, 92 сотрудника Центрального аппарата МО получили только в 2010 году выплаты на общую сумму 140,4 млн рублей. Каждый из них получил от 300 тыс. до 5 миллионов. «При этом средняя надбавка гражданскому персоналу воинских частей 12-го Главного управления Министерства обороны Российской Федерации, которое отвечает за перевозку и сохранность ядерных боеприпасов, составляла около 60,2 тыс. рублей, гражданскому персоналу детских дошкольных учреждений этого же управления — 14,2 тыс. рублей», — цитирует газета «Известия» отчет Счетной палаты.

По мнению члена комитета Государственной думы по обороне Франц Клинцевич, закона Сердюков не нарушал, однако такое поведение депутат считает недопустимым. «Это бессовестные люди. Когда боевые офицеры находятся в бою, не вылезают со службы, когда семья не устроена, дети не устроены, чиновники получают такие бонусы, это просто неприлично, — сказал изданию Клинцевич. — Но, к сожалению, эти люди считают, что они эти премии заслужили. Хотя по большому счету они грабили страну, изыскивая возможности получения дополнительной прибыли».