В феврале этого года на сайте Счетной палаты было опубликовано короткое сообщение о проведенной аудиторами проверке использования средств федерального бюджета в размере 31,6 млрд рублей, направленных на создание и обеспечение функционирования инновационного центра «Сколково». Проверка показала отсутствие в субсидиях на инноград конкретных целевых показателей в привязке к срокам их реализации.

По данным «Известий», значительное количество выявленных нарушений в деятельности «Сколково» привело к тому, что Счетная плата засекретила данные проверки аудиторов.

«Известия» сообщают, что, исходя из «секретных» данных аудиторов, по условиям соглашения, заключенного в сентябре 2010 года между «Сколково» и Массачусетским технологическим институтом (МИТ), американская сторона взяла на себя обязанности разработать концепцию международного исследовательского института и создание соответствующей «дорожной карты», а российская сторона обязалась компенсировать расходы МИТ.

Допсоглашение, датированное октябрем 2011 года, между Минфином и «Сколково», предусматривало выделение МИТ «в рамках совместной деятельности» 1,6 млрд рублей. Эти деньги были взяты из 9 млрд рублей, выделенных на «Сколково» президентом Медведевым.

Счетная палата отметила, что соглашение с МИТ, которое было утверждено президентом  Медведевым, фактически противоречило российскому законодательству, оно было заключено только на английском языке, и подписанный перевод данного документа отсутствовал, что противоречит нормам российского права. Возможность контроля расходов американского института фактически исключена.

По мнению экспертов, такие выплаты американским ученым, которые сделало руководство «Сколково», бесмысленны, так как никто в США не стремится способствовать российскому научному и техническому прогрессу.

Также в феврале этого года стало известно о том, что Следственный комитет России начал расследование по подозрению в нецелевом расходовании средств в инновационном центре «Сколково».

По данным следователей, 3,5 млрд бюджетных рублей, предназначенных для развития наукограда, вместо использования по прямому назначению долгое время хранились на счетах Меткомбанка, конечным бенефициаром которого является президент Фонда «Сколково» Виктор Вексельберг. Представители СКР подозревают, что банк пустил деньги в оборот, благодаря чему заинтересованные лица получали незаконные прибыли.